《通知》指出，全國水污染防治形勢面臨新的變化，部分地區氮磷污染上升為水污染防治的主要問題，成為影響流域水質改善的突出瓶頸。氮磷污染來源較多，固定污染源仍是重要來源，在一些地方還是主要來源。各地要以重點行業企業、污水集中處理設施、規模化畜禽養殖場氮磷達標排放整治為突破口，強化固定污染源氮磷污染防治；重點流域要以實施排污許可制為契機和抓手，嚴格控制并逐步削減重點行業氮磷排放總量，推動流域水質改善。到2019年底前，基本完成氮磷排放重點行業企業超標整治工作。
《通知》明確，將肥料制造、污水集中處理、規模化畜禽養殖等18個行業作為氮磷污染防治的重點行業，要求全面推進氮磷達標排放。地方各級環境保護主管部門應依托排污許可證核發管理逐行業掌握氮磷排放重點行業企業信息，督促重點行業企業建立氮磷排放管理臺賬，摸清行業排放底數。各地環境保護主管部門應督促指導相關工礦企業、污水集中處理設施優化升級生產治理設施并強化運行管理，提高脫氮除磷能力和效率。重點開展磷化工和磷礦采選企業生產工藝及污水處理設施建設改造，推進磷石膏無害化處理和資源化利用。氮磷排放重點行業的重點排污單位應于2018年6月底前安裝含總氮和（或）總磷指標的自動在線監控設備并與環境保護主管部門聯網。
《通知》明確，實施重點流域重點行業氮磷排放總量控制。生態環境部將研究確定實施氮磷排放總量控制的流域控制單元及對應行政區域，根據排污許可證氮磷許可排放量信息確定相關流域控制單元的行業總量控制指標，實施行業總量控制。對于氮磷超標的流域控制單元內新、改、擴建項目，實施氮磷排放總量指標減量替代并嚴格落實到許可證上，嚴控氮磷新增排放。
《通知》強調，市、縣兩級人民政府在制定實施工業污染源全面達標排放工作方案中應強化氮磷排放達標管理，建立整改企業臺賬，對重大問題實行掛牌督辦，跟蹤整改銷號。生態環境部優先將工作成效顯著地區的氮磷減排工程納入水污染防治中央項目儲備庫，對工作任務不落實、工作目標未完成的地區采取掛牌督辦、約談、限批等措施，將氮磷污染防治工作問題突出的納入中央環保督察。